Dolina Dolnej Skawy jest obszarem specjalnej ochrony ptaków. Zajmuje obszar o powierzchni ok. 6846 ha i jest zlokalizowany na północ i wschód od terenu objętego Projektem. Obszar został utworzony w celu ochrony cennych gatunków ptaków: Bączka, Ślepowrona, Podgorzałki, Mewy czarnogłowej, Rybitwy rzecznej, Rybitwy białowąsej, Podróżniczka, Perkozka, Perkozka dwuczubego, Perkoza rdzawoszyjego, Perkozka Zausznika, Gęgawy, Krakwy, Cyranki, Hełmiatki, Głowienki, Czernicy, Kokoszki, Sieweczki rzecznej, Krwawodzioba, Mewy śmieszki, Mewy białogłowej, Zimorodka.

Obszar obejmuje największe kompleksy stawów w dolinie górnej Wisły. Stawy położone są ze wszystkich stron miasteczka Zator. Prowadzona jest tu intensywna hodowla ryb, ale wiele stawów jest mocno zarośniętych roślinnością wodną. W ostoi znajdują się żwirownie z wyspami, chętnie zasiedlanymi przez ptaki. Najważniejszym elementem obszaru naturowego jest Dolina Dolnej Skawy oraz duże kompleksy stawów hodowlanych. Główne rzeki to Wisła i uchodząca do niej Skawa, które wraz z wszystkimi swoimi dopływami, tworzą bogatą sieć rzeczną. Sieć rzek uzupełnia gęsta sieć rowów melioracyjnych oraz rowów doprowadzających wodę do poszczególnych stawów.

Krajobraz kształtowany jest przez mozaikę pól uprawnych, otwartych stawów hodowlanych i użytków zielonych. Część terenów, zwłaszcza położonych w dolinie Wisły i Skawy to niziny, a część to tereny pagórkowate i wyżynne. Znajdują się tu również stare żwirownie z wyspami chętnie zasiedlanymi przez ptaki. Wisła i Skawa mają kręty bieg, a towarzyszą im liczne starorzecza i tarasy rzeczne.

Na terenie Doliny Dolnej Skawy występują 2 rezerwaty: Przeciszów (85,13 ha) i Żaki (17,52 ha). Stawy hodowlane Doliny Dolnej Skawy pełnią też bardzo ważną rolę w okresie wiosennej i jesiennej migracji, stanowiąc przystanek na trasie wędrówek ptaków. Bogata sieć zbiorników wodnych i naturalny charakter dolin rzecznych ściągają tu tysiące przelatujących osobników, zapewniając bogatą bazę pokarmową i miejsce odpoczynku dla wielu gatunków. Stwierdzone tutaj stada osiągają największe liczebności odnotowane w Małopolsce oraz istotne dla awifauny kraju.